卷三：《阵宜》三篇；《战令》五篇；《战机》三篇。
卷四：《摧陷》一篇；《因势》二篇；《车战》一篇；《骑战》一篇；《步战》一篇；《水战》三篇；《火战》一篇；《夜战》一篇；《山林泽谷之战》一篇；《风雨雪雾之战》一篇。
《阵纪》是讲选练和作战的兵书，内容较为充实，有将士的选拔管理和教练，也有战场指挥和奇正虚实的运用；有兵器的形制性能和配置，也有阵法的种类和变换；有旗鼓烽燧指挥、通讯、报警系统，又有赏罚条格和战场纪律规定；既讲一般情况下的作战问题，又讲特殊天候、地形条件下的战略战术；既言练艺，又言练胆；既有对古代兵法的继承和阐发，如他指出：“孙子谓：‘善出奇者，无穷如天地，不竭如江河。’要知善用正者，亦如天地之无穷，江河之不竭耳。又曰：‘善用奇者无不奇，善用正者无不正。’正此谓也。……有等庸将派定伍队，正者只做正兵，奇者只做奇兵，皆非也。”（《奇正》）又有对前世兵家观点的匡正，如他批评大军事家李靖的“善用兵者，教正不教奇”，“似亦误矣。奇而不教，则号无以别，变何以施？孙子谓，奇正相生，循环无端。安有不教而能相生无端者耶？”（《奇正》）；既有对明廷腐败军政的揭露和抨击，又有变革图强的见解，如他批评明廷，“今也，将吏惫于监司中制之烦，士卒疲于科克工役之苦，偏裨困于谋求奔走之劳。”“将乏良能，兵无练锐。”（《率然》）又进言“臣于是而知斯时也，非商鞍之变法，不可以言守国，非尉子之连刑，不可以言治旅。”（《率然》）既有对前世军事制度的追述，又有对明代军事制度的记录，如他在讲到军队编制时，除追述周制外，详细记载了明代军队各级的编制人数：“五人为伍，五伍为队，五队一百二十五人为哨，五哨六百二十五人为总，五总三千一百二十五人为营，五营一万五千六百二十五人为镇。大约用一万八千人成一镇也，以二千三百七十五人为奇零之用，余皆仿此。”（《束伍》）总之，它既有军事理论价值，又有重要的史料价值。
《阵纪》的军事思想主要反映在治军、作战指导和军事哲理三个方面。
在治军方面，重视军队的选练，“众非精选，无以得用”。（《募选》）在具体选募中，主张“募贵多，选贵少”（《募选》）。他认为，“多则可致贤愚，少则乃有精锐”。（《募选》）以人的精神品质为首要选募条件，“首取精神胆气，次取膂力便捷”。反对选“城市游滑之人”，主张用“乡野老实之人”。强调因人而选，因长授职，如年高衰惫，“而有武技兼人，手足利捷，曾经战斗，惯识夷情者，又当别选为司教、司战。乖觉晓事，诚慎细密，备谙山川、进退险易者，宜充哨探巡察。胆力倍人，精神出众，而智识过一队者，立为伍队之长”（《募选》）等。他还参照《六韬》用人思想，根据每个士卒的不同特长组织各类型的专门部队，如异术队、敢死队等。主张明耻教战，“教之以礼，励之以义”，要求全军懂得所谓荣辱廉耻，以战死为光荣，以退逃求生为可耻；将士之间要情同父子，义若兄弟，亲密无间，生死与共。当然这在封建阶级的军队里只能是一种愿望和空想，不可能真正实现。重视赏罚在治军中的作用，认为诛贵大，赏贵小，“能行诛于贵里，下赏于微贱，则威自伸，而明不翳。故杀及权幸，赏及牛童者，谓不论贵贱，不预恩仇，示至公也”。（《赏罚》）强调赏真罚实，防止私下捣鬼，要求将帅亲自调查，以“耳目见闻”为实。
在战略战术方面，战略上主张“以威德服人，智谋屈敌”，认为“能以威德服人，智谋屈敌，不假杀戮，广致投降，兼得敌之良将者，为不世功。兵不赤刃，军不称劳，而得敌之土地数千里，人民数十万者，为不世功”。（《赏罚》）而“奋力抵敌，或因救护而致重伤，或带重伤而复得敌级，并获敌中利用器具之类者，为下功”。（《赏罚》）这无疑是继承了孙子的“不战而屈人之兵”的思想。对奇正的阐述详备而且有新见解。他历数诸家对奇正的认识以后，提出自己的看法。他认为奇兵变化无常，正兵也可变化无常；奇兵和正兵相互依存，又可相互变化，奇兵可作正兵用，正兵亦可作奇兵用，要视战场情况而定；他用形象的比喻说明了正、奇、伏三者的辩证关系，“正兵如人之身，奇兵如人之手，伏兵如人之足。有身而后有手足也，三者不可缺其一。三者能俱用，而旗鼓秘之，是为神化。故三分其一为奇伏，然伏出于奇者也，奇又出于正者也。善用伏者，自无处不伏耳。岂独以丛林草木陵阜间可伏耶”。（《奇正》）“众寡”是兵家必谈的问题。《阵纪》对“众寡”问题的论述重“众寡”的运用，认为“识众寡之用者胜”。“用众，宜整、宜治、宜分”，“用寡，宜固、宜轻、宜锐。”他还认为众寡也是可以变化的，“莫以土地广大，兵马繁盛，就为众也。但分守处多，便无处不寡矣”。（《众寡》）对骑战、步战、车战、水战、火战等战术都根据明代的实战经验提出了自己的见解。如对早已退出历史舞台的车战，他根据明代战争的特点，提出“非车无以致远，非车无以行制”，“不可以车为无益于军用也”，“欲挡胡马之冲，非车壁不可；欲挫胡马之锐，非车击不可；欲逐套卫之虏，非车攻不可；欲弥隙塞罅，而却胡马之不入，非车守不可；欲出塞开边，以建不世之业，非车行不可”。（《车战》）他总结明代海战的经验，提出：“洋海之战，所虑风涛不时，又虑迷失向往，当以斗建为正，加四时定之，知所进退矣。”（《水战》）在军事哲理方面，他继承了古代兵家优秀的唯物主义传统。他认为敌情是在不断变化的，用兵的要诀在于因敌转化，阵法“皆参古法今而作，其用变取胜，各有神异，在学者变通之耳。能将握步根本，练之精，出之熟，变之神，自可驱步卒横行而无敌也。”他注意到事物的两个方面，在一定程度上避免了片面性，如他在讲训练时，既强调练技，又强调练胆；在讲赏罚时，指出“赏罚不可以重，亦不可以轻，赏轻则人心不劝，罚轻则人心忘惧；赏重则人心侥幸，罚重则人心无聊”。（《赏罚》）在讲兵器时，强调兵器短长要适度，“太长则难犯，太短则不及，太轻则锐，锐则易乱，太重则易钝，钝则不济”。（《步战》）朴素地认识到事物的相互转化，指出“必死则生，幸生则死”，这句话不仅道出了“生”与“死”的辩证关系，而且似乎包含着精神力量能够转化为物质力量的思想。在他看来，将士如果抱着必死的决心去英勇作战，便能进发出强大的力量，战胜敌人，取得胜利，获得生的希望；如果个个都有侥幸偷生的念头，那么就必然士气低落，丧失战斗力，而被敌打败。所以，他说：“夫一人必死，足敌十夫；十夫必死，足敌百夫；百夫必死，足敌千夫；千夫必死，足敌万夫；万夫必死，天下莫当。”（《摧陷》）《阵纪》是明代一部比较优秀的兵书。对中国军事理论既有继承又有发展，讲理论不流于空泛，讲制度不失之于繁杂，“凿凿足当实用，非徒拾前人咳唾，堇堇盗浮声也者”。（《阵纪·序》）它“切切以选练为先”（《四库全书总目提要·阵纪》），比较实用。明代著述兵书称多，然多为掇拾汇集之作，这更显得《阵纪》之可贵。正像纪昀评论的那样：“明代谈兵之家，自戚继光诸书外，往往捃摭陈言，横生鄙论，如汤光烈之掘阱藏锥，彭翔之木人火马，殆如戏剧，惟良臣当嘉靖中海滨弗靖之时，身在军中，目睹形势，非凭虚理断，攘袂坐谈者可比，在明代兵家，犹为切实近理者矣。”（《四库全书总目提要·阵纪》）《阵纪》现存有明万历十九年，（）刊本、清嘉庆二十二年（）《墨海金壶》本、清道光《珠丛别录》本、道光二十六年（）《惜阴轩》本、道光二十八年（）《瓶花书屋》本、清同治《半亩园》本、清咸丰《长恩书室》本、清抄本、民国年间《丛书集成初编》本等版本。
《兵法百战经》
《兵法百战经》，简称《百战经》，由《兵法百战经全卷》和《兵法百战经下卷》两部分组成。“全卷”以“王鸣鹤曰”开篇，其中有些思想与《登坛必究》相同；“下卷”卷首则称：“是辑酌古宜今，汇集诸家之精粹，诚兵法之大成，以为卫民之一助也。”而且没有“王鸣鹤曰”字样。卷首均著录“淮阴王鸣鹤编订，古吴何仲叔参辑”。由此推知，“全卷”应为王鸣鹤所著，“下卷”系由何仲叔所辑。
《兵法百战经全卷》有如下细目：地利总说、圮地、通形、挂形、支形、隘形、选能、两翼游兵、火攻药法、骑射、安营机要。“全卷”的内容主要包括以下几个方面：一是论述地形在战争中的重要地位和各种地形的特点及作战方法。“全卷”第一句话就是：“王鸣鹤曰：我先知胜地，则敌不能以制我；敌先居胜地，则我不能以制敌。若择地顿兵不能趋利避害，是驱百万之众而自投死所，非天之灾，将之过也。”接着列举了《孙子》中提出的圮地、死地、通形、挂形、支形等各类地形概念，以吴子问，孙武答的形式，阐述了敌我双方陷入上述地形条件时的作战方法。如在“死地”作战，若我陷死地，要深沟高垒，示我有备，安静勿动，以隐蔽我军实力；然后杀牛燔车，犒赏士卒，填井毁灶，打消侥幸偷生的心理。这样全军死战，必锐不可挡，转败为胜。若敌居死地，则要网开一面，虚留生路，动摇其斗志，并在生路两侧埋伏精兵，在要道隘口布署精骑，乘敌逃跑进行截击，必获全胜。二是记述了选贤任能的原则和考选弓弩、鸟铳手的方法及标准。强调统军作战，务必选拔搜揽各方面的人才。主张要像春秋战国时那样，“虽鸡鸣狗盗之士，无不延见庭养，以为己用”。对于有特殊才能的以很高的礼遇对待。要求将帅不仅要有才，更要有德，“世之为将者，贵有将才，尤贵有将德。”对于鸟铳手的考选记述很细致，从铅子、火药、火绳、铅子袋到瞄准、射击都有具体规定。三是记述了明代的游兵战法和军中赏罚制度及指挥旗号。所谓游兵，就是在军队左右两翼的前锋，各设一个头队，即侦察分队，由骁将统领，负责侦察敌情，搜索伏兵，应付突然事变。头队中实行逐级论功行赏，一队之中如果赏多罚少，队长领红顶签、赏少罚多，队长则领黑顶签。主将则根据红、黑签赏罚队长。四是记述了明代火器种类及炮火药、水火药等火药配方。该书记载，当时“火器二百六十余种，皆有稗于实用”，按其用途分，有战器，有埋器，有攻器，有守器，有陆器，有水器。提出用器在于“合宜”；制器在于便利使用，如战器利于轻捷，攻器利于机巧，埋器利于爆击易碎。五是记述了骑马射箭的要领和训练、检验足力的工具及方法。有歌诀，如马箭歌诀等。有图式，如马箭式、步箭式等。六是阐述了营垒的重要性。王鸣鹤认为，“张军宿野必有营垒。营者，三军之家也。止而无营，犹人之居无屋宇、墙堑，一旦盗贼窃发，何以押御耶”。他还提出，要巩固营垒安全，形势、米粟、赏罚等固然是不可缺少的，但“上下相亲，人和为要”，“无事忧为有事之防”。七是总结了明军刘家河惨败的教训，提出加强“正兵”建设的建议。他认为刘家河之败的原因是“既不能用奇，而又自弃其正”。建议先定什伍之法，“五人为伍，以上递相连属，以至于将皆如身臂相使，首尾相应，虽极仓促，只须百人。其差次，先以强力疾足负重能走者三千人，次能射远趋二百里者三千人，次能命中者四千人，次能射远者四千人，次壮健轻勇能格斗者一万人，总二万四千人，将校并在内，为马、步、战兵之数”。
