《药师经》是通于显、密与净、密的一部经典，其与密教的关系尤为密切。
首先了解一下净土法门与秘密法门的关系。密宗与净土宗之所以能够兼容，是因为都属于佛教当中的“果上法门”。佛教各个宗派多就凡夫的因位而演说一切诸法，如台、贤、禅、律等皆以因行凭自力升进，唯独净、密二宗乃凭果德他力之加持。净土往生根本凭借的是佛陀愿力，密宗成佛仗持的是大日如来（或其他本尊）的甚深法力。净土宗以念佛与修净业作为往生资粮，密宗的三密相应虽然复杂些，但与他宗的累世苦修相比还是容易些，因此二者都属于佛法修行当中的“易行道”。在过去，有些净土行者，不满意密教；而密教学者，也多少轻视净土；其实净与密，关系最为密切，其性质也最为接近。比如本经，若除却咒语，便纯粹是净土法门；加上了咒语，便又通于密部。又如阿弥陀经，是纯净土法典，但普遍流行的往生咒，即“拔一切业障根本得生净土陀罗尼”，就通于密部。不论净土或密教，佛或本尊，其加被力最受重视。修行者对于佛或本尊的不可思议力，更须具足充分的信心，绝不容许有丝毫的疑念。密部的念咒和净土的念佛，同是以口发音声，作为修行的方便。
在诸多净土经典之中，《药师经》的密教色彩尤为浓郁。《大藏经》中有关药师法门的经典主要集中在密教部，如唐金刚智译《药师如来观行仪轨法》、唐不空译《药师如来念诵仪轨》、唐一行撰《药师琉璃光如来消灾除难念诵仪轨》、元沙制巴译《药师琉璃光七佛本愿功德经念诵仪轨》及《供养法》、清工布查布译《药师七佛供养仪轨如意王经》等。近世弘扬药师法门的藏传佛教大师有诺那上师传授的《药师琉璃光王修持仪轨》、贡嘎上师传授的《药师琉璃光如来修持仪轨》及《薰修药师忏仪》等等。
许颖
年1月
如是我闻]，一时薄伽梵游化诸国]，至广严城]，住乐音树下]。与大苾刍众八千人俱]，菩萨摩诃萨三万六千]，及国王、大臣、婆罗门]、居士]、天龙八部]、人非人等、无量大众，恭敬围绕，而为说法。尔时曼殊室利法王子，承佛威神，从座而起，偏袒一肩，右膝著地，向薄伽梵，曲躬合掌，白言：世尊！惟愿演说，如是相类，诸佛名号，及本大愿殊胜功德，令诸闻者，业障消除，为欲利乐像法转时诸有情故。
] 如是我闻：为佛教经典固定的开篇用语，又作“我闻如是”、“闻如是”。据经典记载，释迦牟尼佛于入灭之际，嘱托多闻第一的阿难，在将其一生言教整理为经藏时，须于卷首加“如是我闻”一语，以与外道经典有所区别。“如是”，指经中所叙佛陀之言行举止；“我闻”，即经藏结集者阿难自言听闻佛陀之言行。又，“如是”意为信顺自己所闻之法；“我闻”则为坚持其信之人。此即信成就、闻成就，又作证信序。
] 薄伽梵：佛的尊称，梵文Bhagavat，为佛陀十号之一，亦为诸佛之通号，又作婆伽婆、婆伽梵、婆哦缚帝，意译有德、能破、世尊、尊贵，即有德而为世所尊重者之意，在印度用于有德之神或圣者之敬称。据《佛地经论》卷一载，薄伽梵具有自在、炽盛、端严、名称、吉祥、尊贵等六种意义，其义为吉祥王、大威猛、极尊贵等等，因其含义甚多，故不翻译。我国译经有五不翻译，此为多含不翻，但亦有直译为世尊者。
] 广严城：即毗耶离城，梵文Vai?ālī，古代中印度国名，系古印度十六大国之一，六大都城之一，为离车子族所居之地。此城的位置约位于今印度恒河北岸、干达克河东岸之毗萨尔。据《长阿含经》卷三《游行经》载，此城于佛陀在世时颇为繁荣，人民皆信乐佛教，佛陀在此城预言自己即将入灭，著名的维摩诘居士就居住在这个地方。玄奘《大唐西域记》卷七中记载，此国周围五千余里，土地沃壤，风俗淳质，有天祠数十，异道杂居。城西北五六里有一伽蓝，住少数僧徒，学习正量部法，东有舍利子等证果之故迹塔，东北三里有维摩大士故宅塔，其附近即维摩现疾说法处及庵摩罗女故宅塔等，城西北系佛陀最后所行之故趾塔。佛陀入灭百年后，七百贤圣于此举行了第二次结集。
] 乐音树：树名。因其树林中，迦陵频伽鸟出和雅音，微风吹动，枝叶作种种奇妙自然音声，如同奏乐，故名乐音。
] 大苾（bì）刍：苾刍即比丘，指受过具足戒的男性出家人，梵文Bhiksu，音译作比丘、苾刍、备刍、比呼等，意译为乞士，言其上从如来乞求佛法而养育法身慧命，下从世俗乞求衣食以存活色身。比丘之含义有五种：乞士（行乞食以清净自活者）、破烦恼、出家人、净持戒、怖魔。比丘依法出家，舍弃家财，游化人间，乞食活命，随处宣教，度诸有缘，威仪端严。大比丘为比丘中之德高年长者。佛经当中最常见的说法是当佛陀说法时常有“大比丘众，千二百五十人具，皆大阿罗汉”。
] 菩萨摩诃萨：乃菩提萨埵与摩诃萨埵之简称。菩萨，梵文Boddhi-sattva，意译作道众生、觉有情、道心众生等。菩提，觉、智、道之意；萨埵，众生、有情之意。菩萨，即指以智上求无上菩提，以悲下化众生，修诸波罗蜜行，于未来成就佛果之修行者。摩诃萨，梵文Mahasattva，摩诃汉译为大，摩诃萨埵即大有情、大众生，谓此大众生愿大、行大、度众生大，于世间诸众生中为最上，不退其大心，故称摩诃萨埵。
] 婆罗门：梵文Brāhm?a，意译净行、梵行、梵志、承习，为古印度种姓制度（其余三姓为刹帝利、吠舍、首陀罗）中居最上位的僧侣、学者阶层，为古印度一切知识的垄断者。据《长阿含经》卷六《小缘经》、卷十五《种德经》、《慧琳音义》卷二十九等载，婆罗门由梵天之口生，颜貌端正，清净高洁，以习《吠陀》、司祭祀为业。依《摩奴法典》规定：四姓中除最低之首陀罗外，其余三姓皆得诵习《吠陀》，自作祭祀，然为他人祭师，教他人《吠陀》、受施等则仅限于婆罗门。古印度婆罗门一生可分为四期：（1）梵行期，八岁就师，其后十二年学《吠陀》、习祭仪。（2）家住期，返家结婚生子，祭祖灵、营俗务。（3）林栖期，年老则家产让子，栖居树林修苦行，专心思维，入宗教生活。（4）遁世期，绝世俗之执著，被粗衣，持水瓶，游行遍历。遁世期之婆罗门行法，后为印度佛教沿用者不少，如游行、乞食、雨安居等。以婆罗门阶级为中心形成了婆罗门教，以吠陀信仰为核心，遵守四姓制度，主张婆罗门至上，重视祭祀，以期生天涅槃之教派，后来演化为印度教。
] 居士：梵文Grha-pati，意为家长、家主、长者之义，原指吠舍阶级的豪富者，或指在家的有道之士。汉语中居士一词原出于《礼记·玉藻篇》，于《韩非子》一书中，亦谓有任矞、华仕等居士，皆指颇有道艺而不求仕宦的处士。后泛指居家学佛人士。
